Depuis la signature le 28 Avril 2009 de la Convention portant statuts et rattachement de l’ISVV à l’Université de Bordeaux, la gouvernance de l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV) se compose de :

- un Conseil d'Administration (au moins une réunion par an) : organe décisionnel, il réunit les représentants des organismes académiques et de recherche, ainsi que les tutelles, les collectivités territoriales partenaires et les acteurs économiques tels que le CIVB
- un Conseil Scientifique International (au moins une réunion par an) : organe consultatif
un Comité de Direction : organe de concertation et d'information qui réunit notamment les représentants des unités de recherche et de formation de l'ISVV.
- un Conseil de Département Recherche qui réunit l’ensemble des responsables d’unités et de laboratoires de recherche de l’ISVV.
- un Conseil de Département Formation qui réunit l’ensemble des responsables des différentes formations de l’ISVV.

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Le Président du Conseil d'Administration de l'ISVV est Christian DELPEUCH, Président du Cluster INNO’VIN. Le Directeur Général de l’ISVV est le Pr. Denis DUBOURDIEU. Il est, avec le Président de Région Alain ROUSSET, à l'origine du projet. Le Président du Conseil Scientifique International de l'ISVV est Jean-Didier VINCENT. Le Pr. Serge DELROT dirige le Département Recherche de l’ISVV qui inclut le Service de Transfert Technologique et de Valorisation piloté par le Pr. Jean-Philippe ROBY. Le Pr. Bernard DONECHE dirige le Département Formation de l’ISVV qui comprend essentiellement les formations relevant de l’UFR d’œnologie mais aussi trois formations relevant des Grandes Ecoles (Bdx Ecole Management, Bdx Sciences Agro) et de l’Université Montesquieu Bordeaux 4.