Les trois missions de l’ISVV, la recherche, l’enseignement et le transfert de technologie, se déclinent à travers six objectifs transversaux principaux visant à faire progresser l'univers vitivinicole :

Améliorer la qualité du vin et des raisins en développant une meilleure connaissance :
- de la chimie, de la physicochimie et du métabolisme des arômes et des composés phénoliques,
- de la génomique fonctionnelle de la vigne et des microorganismes de la vinification,
- de l'écophysiologie et la génétique de la vigne et des porte-greffes.

Expliquer les propriétés biologiques des polyphénols en étudiant leurs effets sur :

- la stimulation des défenses naturelles des plantes,
- la santé humaine, apports nutritionnels et pharmacologiques.

Optimiser les pratiques culturales pour maintenir une viticulture durable en validant de nouveaux moyens de lutte comme :

- la prévention des maladies de la souche,
- des protections phytosanitaires efficaces mais raisonnées,
- des méthodes biologiques, biotechniques ou génétiques.

Améliorer les procédés de culture respectueux de l'environnement en développant :

- la connaissance des caractéristiques et de la qualité des sols,
- la caractérisation à haute résolution du climat, et son impact sur la physiologie de la vigne et sur la dissémination des maladies,
- le traitement des effluents viticoles et vinicoles.

Améliorer l'efficacité économique de la filière vitivinicole à travers la connaissance :

- du contexte national et international
- des innovations dans les stratégies des entreprises vitivinicoles,
- de l’efficacité des structures de production et de commercialisation,
- de la dynamique socio-économique des entreprises vitivinicoles,
- des avantages comparatifs de l'économie viticole d'Aquitaine.

Développer les dimensions juridiques, culturelles et économiques de la filière vitivinicole :

- le statut des producteurs de vin de qualité,
- le statut et les conditions d'exploitation des entreprises viticoles,
- le statut du produit,
- la protection et le comportement des consommateurs,
- la mondialisation et les concurrences sur les produits et les techniques de production,
- le rôle culturel de la vigne et du vin,
- l'économie de l'innovation.